一、分析输入文件说明:

  • 1、输入文件的位置

    如果您已经在我们公司做过相关项目并已获得项目数据,输入文件会放在 /path/to/Report/Total_OTU 目录中。

    所有输入文件(例如 *.txt *.tsv *.xls等)必须为文本格式,请确保所有文件可以使用"记事本"等文本编辑软件正确打开。

  • 2、OUT Table文件

    (1)在OUT Table文件的第一行中,从第二列到“OTUsize”之前,表示的是样本名。


    (2)OUT Table中的每一行的数据之间,以\t(即制表符“Tab”)分隔。

    (3)OUT Table中的样本名必须与sample.groups 文件中的样本名一一对应。

    (4)OUT Table文件可以用Excel和文本文档打开。

  • 2、Copies OUT Table文件

    (1)格式与OUT Table文件相同。

    (2)用于绝对定量数据分析。

    这个文件类型较多,请根据项目实际情况、需求进行选择

    (2.1)unit_dna_otu_copies.xls:DNA水平的绝对定量丰度表

    (2.2)unit_sample_otu_copies.xls:SAMPLE水平的绝对定量丰度表

    (2.3)corrected_unit_dna_otu_copies.xls:DNA水平的绝对定量丰度表(基于 RRNDB 做基因拷贝数矫正,只有 细菌 且用 RDP 数据库注释的项目才会有该文件)

    (2.4)corrected_unit_sample_otu_copies.xls:SAMPLE水平的绝对定量丰度表(基于 RRNDB 做基因拷贝数矫正,只有 细菌 且用 RDP 数据库注释的项目才会有该文件)

  • 3、sample.groups 文件

    (1)sample.groups文件用来确定分析中使用的样本

    (1)sample.groups 第一列是样本名(与OUT Table文件中的样本名对应,允许减少),从第二列开始是分组。 如下图,第二列分为SC、AA 2组分析,第二列分为SC、AA 2组分析。


    (2)sample.groups中的每一行的数据之间,以\t(即制表符“Tab”)分隔。

    (3)sample.groups文件可以用Excel和文本文档打开。

  • 4、ENV文件

    (1)env.xls文件的第一行是环境因子,第一列是样本。


    (2)env.xls文件第一列的样本名必须和OUT Table文件、sample.groups 文件相同。

    (3)env.xls文件中的每一行的数据之间,以\t(即制表符“Tab”)分隔。

    (4)env.xls文件可以用Excel和文本文档打开。

  • 5、COG文件

    (1)cog_for_stamp.txt文件的第一行是样本,第一列是COG通路。


    (2)cog_for_stamp.txt文件中的每一行的数据之间,以\t(即制表符“Tab”)分隔。

    (3)cog_for_stamp.txt文件可以用Excel和文本文档打开。

  • 6、KEGG文件

    (1)kegg_for_stamp.txt文件的第一行是样本,第一列是KEGG通路。


    (2)kegg_for_stamp.txt文件中的每一行的数据之间,以\t(即制表符“Tab”)分隔。

    (3)kegg_for_stamp.txt文件可以用Excel和文本文档打开。

二、新建项目

  • 1、登录成功之后,进入网站“我的项目”页面,点击“新建项目”,弹出新建项目弹框:

  • 2、在新建项目弹框里输入“项目名称”,点击“新建项目”按钮:

  • 3、表格自动刷新,显示新建项目,点击项目名,进入项目:

三、运行分析

  • 1、点击“新建分析”按钮,弹出“新建分析”弹框:

  • 2、在分析名输入框中填入分析名,根据提示点击“输入文件”下面的按钮,选择输入文件:

    如上述操作,可以选择你需要的其他文件。(OUT Table文件和Groups Table文件是必须的,其他文件可以根据你需要的分析结果来输入。)

    根据按钮上方的提示,选择不同的输入文件,可以完成不同的分析。如果你不了解要输入的文件,可以点击这四个按钮右边的蓝色字体的示例文件,下载示例文件查看。

    如果点击下载失败,可以右键单击蓝色字体的示例,再点击“目标另存为”,把文件存到本地。

  • 3、分析名和输入文件设置好了之后,点击“运行”按钮运行该分析:

  • 4、点击分析名,可以查看该分析的运行状态。如果分析正在运行中,弹框中会显示旋转图标,然后显示分析运行状态:

    如果在你的分析之前还有其他客户的分析在排队,会显示排队的个数;如果你的分析正在运行,会显示你的分析的进行状态。分析状态10秒刷新一次。

    如果分析运行结束,则会显示分析结果目录链接:

    (如果分析运行较慢,可以先关闭弹窗,进行其他操作,待想查看分析运行状态再点击分析名查看。)

  • 5、分析运行结束,点击分析结果链接,可以查看项目报告: